Государственный музей истории и культуры Узбекистана входит в Самаркандский государственный объединенный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник. Наследник одного из самых первых музеев Туркестанского края XIX века, он является одним из старейших музеев Центральной Азии. Его собрания включают в себя также коллекции нескольких музеев начала ХХ века: Самаркандского городского музея (образован в 1911 году), Самаркандского областного музея, Государственного центрального музея Узбекистана и т.д.
С 1978 по 2009 год музей размещался в специально построенном для него модернистском здании, учитывающем особенности его коллекций и расположенном в непосредственной близости от площади Регистан. Спешный снос этого сооружения и хаотичный перевоз музейных фондов в сегодняшнее здание Музея на улице Мирзо Улугбека, удаленное от центра, изначально служившее для других целей и затем приспособленное для музейных функций, получил широкий резонанс в социальных сетях, где нередко поднимались острые вопросы относительно возможности повторения в Самарканде скандальных историй подмены экспонатов, которые случались в 2000-х–2010-х годах в других музеях республики. Проверить достоверность подобных предположений объективно сложно, т.к. экспозиции живописи, которая остается наиболее привлекательным объектом для злоупотреблений, в новом здании Музея отведено небольшое пространство. Параллельно в обществе высказывались и другие опасения: согласно циркулирующим среди любителей искусства разговорам, “фонды были частично переведены в новый Музей-заповедник, частично переданы в Краеведческий музей, а некоторая часть коллекции – в Ташкентский Музей искусств”. Как свидетельствует узбекистанский исследователь, лингвист и художник Алексей Улько, “выяснить, какие именно ключевые работы были переданы в Ташкент, не удалось”.
Следует отметить, что Музей стремится адаптироваться к цифровым реальностям и уделяет немалое внимание представлению своих коллекций в сети Интернет. У него есть свой сайт, страница в Фейсбуке, Телеграм-канал, канал-YouTube, а также веб-страница, позволяющая осуществлять интерактивные виртуальные визиты для осмотра залов. Однако все эти ресурсы уделяют большее внимание зрелищной стороне сайтов, подчас в ущерб системному представлению коллекций. В результате, например, на новом сайте Музея невозможно найти описание коллекций изобразительного искусства: интерактивные динамические кнопки оказываются исключительно декоративными, а систематической визуальной информации сайт не представляет. Гораздо полнее представлена коллекция изобразительного искусства Самаркандского музея в Госкаталоге музеев Узбекистана.